 小儿心脏病诊疗中心建于2003年4月，由心脏内科、心脏外科、心脏彩色超声室、心电图室、心功能室组成，现有主任医师6名、副主任医师8名，博士生导师1名、硕士生导师2名、博士研究生2名、硕士研究生13名、博士后1名。中心每年完成先心病外科手术300多例，其中主要是体外手术200余例、介入手术近100例，成功开展导管介入封堵室间隔缺损房间隔缺损、动脉导管未闭等手术。小于一岁的婴儿手术占62％，常见先心病手术成功率＞98％，复杂先心病手术成功率＞90%。该中心正在积极进行复杂及危重新生儿及小婴儿外科治疗方法的多样化技术研究，与国外多家心脏中心建立了长期的合作关系，力争与国外最新开展的技术接轨。此外，该中心成功开展小儿心律失常的电生理检查、室上性心动过速、特发性心动过速的射频消融治疗项目、小儿慢性心律失常的永久起搏器安装治疗技术、小儿川崎病合并冠状动脉并发症的选择性冠状动脉造影诊断技术、先心病术中食道及心脏表面超声检查，介入治疗食道超声及食道调搏、倾斜试验检查等。心脏中心水平在国内小儿心血管内外科界处于先进地位。
中心主任李仲智教授现任中华医学会小儿外科学分会主任委员、中华医学会小儿外科学分会胸心学组组长、中华医学会北京分会小儿外科专业委员会主任委员、中华小儿外科杂志副主编、临床小儿外科杂志副主编；李晓峰副主任为中华医学会小儿外科学分会青年委员、
中华医学会小儿外科学分会胸心学组成员；袁越副主任为年轻的学科带头人，尤其在小儿心律失常、食道调搏、射频消融等方面有专长。
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