北京市儿科研究所是一所综合性儿科临床基础研究机构，隶属于北京儿童医院管理；是首都医科大学硕士生、博士生培养点和博士后流动站；同时为教育部--省部共建儿科重大疾病研究重点实验室。

院长兼所长：李仲智教授
副院长兼副所长：张建教授
办公室主任：申阿东研究员
办公室副主任：齐可民研究员

研究所在培养各专业研究生的同时，也为医院临床各专业的研究生提供了科研平台。每年在研究所进行科研工作的研究生人数为40人左右，其中来自本所的20余人，来自医院各临床科室的近20人。

近5年来，获北京市科技进步奖4项、中华医学奖2项。

每年有30-50篇左右科研论文发表在国内外核心期刊上。